聖杯からあふれ出した泥の英霊が、イリヤたちを襲う。セイバーをインストールしたイリヤは、渾身のエクスカリバーを放つも、無限に沸く忌まわしき存在をなぎ払えないでいた。状況を打開できないイリヤだったが、その双眸は、美遊を助け出し、また平行世界の未来を救うために諦めず、未来をまっすぐと見つめていた。

無数の漆黒の英霊を従え、ジュリアンは再び美遊を手中にしようとしていた。一方、拘束から解き放たれた美遊の兄・衛宮士郎は、美遊を守るため投影魔術を駆使し、ジュリアンに立ち向かう。士郎の刃がジュリアンに届こうかという瞬間、その間に立ちふさがったのは、士郎を「先輩」と呼ぶ、一人の少女だった。

美遊も世界も、両方救う!!　そんなイリヤの願いを実現するためには、エインズワースの手から美遊を取り戻さなければならない。激しい戦いを強いられるイリヤの元に、身を隠していたギルとバゼットが劣勢を覆すべく現れる。遂にイリヤと美遊の再会の時が近づく。

美遊を犠牲にして、世界を救う……。エインズワースの真の目的は、美遊という聖杯を使って人類の救済を願うことだった。思わぬ展開に混乱するイリヤ。駆けつけてきたクロは、平行世界を救うことよりも、美遊が大事だと即断する。一方でイリヤは、美遊と世界を天秤にかけられ、答えを出せずにいた……。

サファイアを携えてクマの人形の姿のまま魔法少女に転身したイリヤは、意識を入れ替えられた凛とルヴィアとの激しい攻防の末、エリカとアンジェリカのいる寝室にもつれ込む。本来のカラダを取り戻し、アンジェリカと対峙したイリヤは、美遊に隠された真実を知ることになる。

エインズワース邸内の地下牢に捕らえられてしまったイリヤ。エリカは“イリヤの側にいたい”という美遊の願いを叶えようとしてイリヤの意識をクマの人形に移し替えてしまう。持ち前の空想と気合いによって、動きの自由を手に入れたイリヤだったが、自分のカラダを探すため屋敷を探し回る途中、ベアトリスに見つかってしまう……。

エリカを迎えに来た男は、ダリウスと名乗るエインズワース家の当主であり、美遊を攫った張本人だった。強大な力によって、氷の結界型宝具を顕現させるダリウス。結界を破ろうとするクロのカラドボルグをもってしても、わずかなダメージしか与えられない中、ダリウスはイリヤに衝撃的な言葉を告げる……!?

バゼットの結界によって、ドールズ達の急襲は防げたはずだった。しかし、イリヤは学校に侵入しようとしていたエリカという幼い女の子を目撃する。エリカは、なぜかイリヤのことを「お姉ちゃん」と呼び、二人はあっという間に打ち解ける。そんな中、エリカの父と名乗る男が現れる。一見優しそうなこの男は、エリカを迎えに来たというが…!?

クロの狙撃によって、ベアトリスを退けることに成功した一行は、エインズワースの屋敷から一時撤退し、バゼットたちが拠点としていた学校の校舎で体勢を立て直そうとする。しかし、アーチャー「ギルガメッシュ」と、バーサーカー「雷神トール」のカードを持つ敵への対抗策が見つからず失意に沈むイリヤ。そんな彼女に対し、クロは突然双剣を手にイリヤに襲いかかる……!?

ギルに導かれ、イリヤは田中とともに、エインズワースの屋敷への潜入に成功する。目指すは、美遊が幽閉されているという一室。そこに立ちはだかったのは、ベアトリスとアンジェリカだった。絶体絶命の状況の中、イリヤはマジカルルビーとの運命の再会を果たす。イリヤは再び魔法少女の力を取り戻し、美遊を救うために立ち上がる！

エインズワースのドールズの一人、ベアトリスが、謎の少女、田中とイリヤに襲いかかる。圧倒的な力に、追い込まれる二人。万事休すかというその時、ベアトリスは、何者かに呼び戻され、二人は窮地を脱するのだった。その後空腹にさいなまれたイリヤと田中はあやしい店主のいるラーメン屋でさらなるピンチに巻き込まれる。お金が、ないっ!?　そんな危機を救ったのは、意外な人物で？

イリヤたちの楽しい夏休みは、突然終わりを迎えた。円蔵山に刻まれた8枚目のクラスカードの英霊との戦いの爪痕が一夜にして消えたことを不審に思い、現地に駆けつけたイリヤたちは、美遊を「迎えにきた」という謎の少女たちと遭遇し……。激しい交戦中、不思議な光に包まれるイリヤ。その後、目覚めたのは真冬の冬木市だった!?